Customizing Plots

Customizing dendrograms

🇬🇧 Dendrograms can be customized, using any argument available for the plot() function. In the following example, multiple aspects of the figure are modified, including labels, axes and colors.

🇪🇸 Los dendrogramas pueden ser personalizados, utilizando cualquier argumento disponible para la función plot(). En el siguiente ejemplo, se modifican diversos aspectos de la figura, incluyendo etiquetas, ejes y colores.

library(ClustMC)

data(clover)

bss_test(
  y = clover$nitrogen, trt = clover$treatment, console = FALSE,
  main = "A customized plot", xlab = "Treatments", ylab = NULL, col = "grey50",
  cex = 0.75, axes = FALSE, frame.plot = TRUE
)

Customizing lines

🇬🇧 Straight lines are created with the abline() function and their appearance can also be customized. In this case, a list() must be passed as an argument. The list should contain the desired arguments and values for abline(). An example is provided below:

🇪🇸 Las líneas rectas son creadas con la función abline() y su apariencia también puede ser personalizada. En este caso, se deberá proveer como argumento un objeto de tipo list(). Este objeto debe contener los argumentos y valores deseados para abline(). A continuación se muestra un ejemplo:

library(ClustMC)

data(PlantGrowth)
plants_weights <- PlantGrowth$weight
plants_trt <- PlantGrowth$group

dgc_test(
  y = plants_weights, trt = plants_trt, console = FALSE,
  main = "A plot with a customized line",
  abline_options = list(col = "red", lty = 3, lwd = 1)
)

Using other packages

🇬🇧 Alternatively, the hclust object, which the functions use to create the dendrogram, is provided to the user, enabling the use of different libraries. In the following example, the ggdendro package is used to plot the dendrogram with ggplot2.

🇪🇸 Como alternativa, el usuario tiene acceso al objeto de clase hclust usado por las funciones para crear el dendrograma, lo cual permite la aplicación de diversos paquetes. En el siguiente ejemplo se recurre al paquete ggdendro para graficar el dendrograma con ggplot2.

library(ClustMC)
library(ggplot2)
library(ggdendro)

data(bread)
anova_model <- aov(volume ~ variety + as.factor(bromate), data = bread)

test_results <- jolliffe_test(
  y = anova_model, trt = "variety", console = FALSE,
  show_plot = FALSE
)

ggdendro::ggdendrogram(test_results$dendrogram_data) +
  ggplot2::geom_hline(
    yintercept = 0.95, colour = "blue", linetype = "dotted",
    linewidth = 0.75
  ) +
  ggplot2::ggtitle("SLCA dendrogram for bread baking data")